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Der vom Gedankengut Pestalozzis geprägte erste thurgauische Seminardirektor Jakob Wehrli gründete im Jahr 1843 die damalige ‘Landwirtschaftliche Armenanstalt’. Diese entwickelte sich im Laufe der vergangenen Jahre zu unserer heutigen Schule ‘Bernrain’. 
In der Zwischenzeit hat sich vieles verändert. Das Ziel, Kinder und Jugendliche mit herausforderndem Verhalten, Lernblockaden und fehlender Orientierung mit wohlwollender Erziehung auf ein selbständiges Leben vorzubereiten, ist auch heute noch ein zentraler Orientierungspunkt.
Seit 1988 ist die Schule Bernrain eine Externats- und Internats-Schule für Knaben und Mädchen. Einweisende Instanzen sind das Amt für Volksschule oder ausserkantonale Behörden. Maximal stehen 49 Plätze für Schüler und Schülerinnen aller Klassenstufen zur Verfügung.
Der Unterricht in den Klassen basiert auf den Kriterien der Bedeutsamkeit, Lebensnähe, Anschaulichkeit und Handlungsorientierung sowie einem animierenden und angstfreien Klima. Wesentliche Elemente sind Vermittlungsvielfalt, forschend-entdeckendes Lernen, Selbständigkeit, Problemlösung und metakognitive Reflexion der Lern- und Arbeitsprozesse. Die Ergebnisse des Entwicklungs- und Förderprozesses fliessen in regelmässige Situationsanalysen und Standortgespräche ein.

Das Ziel ist die Reintegration in die Regelschule oder ein qualifizierter Schulabschluss, gegebenenfalls auch die Sicherstellung weiterführender Massnahmen. Neben dem Unterricht in den Klassen, Fördergruppen, Sport, Werkunterricht und Projekten bestehen zusätzliche pädagogische Angebote.
Die Essenz des pädagogischen Handelns ist u.a. im systemischen, ressourcen- und lösungsorientierten Modell nach Shazer verankert. Wir versuchen vor diesem theoretischen Hintergrund - und nicht nur im Konfliktfall - neben der wertungsfreien Wahrnehmung von komplexen Zusammenhängen, vor allem „Lösungen“ zu konstruieren, statt Probleme zu analysieren. (Bamberger, 1999, S.2)